北京蠕動泵的運行原理十分簡單，其通過對泵管交替進行擠壓和釋放來輸送流體。在兩個輥子之間的一段泵管形成“枕”形流體。“枕”的體積取決于泵管的內徑和轉子的幾何特征。流量取決于泵頭的轉速與“枕”的尺寸、轉子每轉一圈產生的“枕”的個數這三項參數之乘積。“枕”的尺寸一般為常量。拿轉子直徑相同的泵相比較，產生較大“枕”體積的泵，其轉子每轉一圈所輸送的流體體積也較大，但產生的脈動度也較大。這與膜閥的情形相似。而產生較小“枕”體積的泵，其轉子每轉一圈所輸送的流體體積也較小；而且，快速、連續地形成的小“枕”使流體的流動較為平穩。這與齒輪泵的情形相似。